Taani naaritsad ja kaduv kohv ning šokolaad

Columbia Ülikooli viroloog Angela Rasmussen kirjutas täna natuke hirmutavatest meediapealkirjadest, mille tingisid Taani naaritsakasvatustest leitud viirusjuhud. Rasmussen on palju püüdnud meedias teha viroloogiat puudutavat infot lihtsamalt mõistetavamaks ja seega ka ülemäärast hirmu vähendanud.

Mis mind tänases postituses köitis, oli tähelepanek, et metsloomadelt võib (aga ei pruugi) viirus kanduda kassidele ... ja kassid on kõikjal 😟😟😟. Rasmussen mainib, et karusloomakasvatuse lõpetamine on igal juhul hea otsus.

☝☝☝ 

So you may have heard concerns about the mink variant of #SARSCoV2 that was discovered in Denmark and is leading to the decision to cull all farmed minks in the country.

This should not be a cause for panic.https://t.co/EMTufmvl4U

— Dr. Angela Rasmussen (@angie_rasmussen) November 5, 2020

Rasmussen kirjutab: Võite olla kuulnud murest Taanis avastatud #SARSCoV2 variandi pärast naaritsatel, mille tulemuseks on otsus kõik riigis kasvatatud naaritsad tappa. See ei tohiks põhjustada paanikat.

https://www.nytimes.com/2020/11/04/health/covid-mink-mutation.html

See on veel üks kehv näide andmete jagamisest pressiteate vahendusel ja pealtnäha kõlavad murettekitavd väited: -inimesed nakatusid sellega –inimesetel on nõrgad antikehareaktsioonid -Taani rahvatervise ametnik ütles, et see tüvi häirib vaktsiini efektiivsust.

Nende väidete toetamiseks pole andmeid, nii et neid on raske hinnata. Kuid me teame veel mõnda asja, mis võib muret veidi leevendada. Hollandis olid selle aasta alguses suured puhangud naaritsafarmides.

https://www.reuters.com/article/us-health-coronavirus-netherlands/netherlands-to-close-mink-farms-after-coronavirus-outbreaks-idUSKBN25N2W2

Hollandi naaritsafarmid olid tõenäoliselt antroponootilise leviku tulemus (inimestelt naaritsatele). Arvatakse, et vähemalt 2 inimest on SARS-CoV-2 nakatunud zoonootiliselt (naaritsatelt inimesele). Seega pole üllatav, et ka Taanis olid taolised juhtumid.

https://www.nationalgeographic.com/animals/2020/11/denmark-mink-culling/

Naaritsatega seotud tuhkruid kasutatakse COVID-19 katsemudelina (noh, pigem nagu SARS-CoV-2 nakkuse mudel, sest tuhkrud ei haigestu eriti). Seega pole šokeeriv, et naaritsad on nakkustele vastuvõtlikud.

Siiani pole olnud andmeid, mis näitaksid, et naaritsast saadud variantidest põhjustatud COVID-19 erineb oluliselt inimestest saadud variantidest. "Nõrgad" antikehareaktsioonid ilmnevad ka kergetel või asümptomaatilistel COVID-19 juhtudel.

Nüüd jõuame kõige murettekitavama väite juurde, et naaritsast saadud viirused muudavad vaktsiinid vähem tõhusaks.  

Kuid teadmata, millised need mutatsioonid on, on ebaselge, mis on selle mõju vaktsiinidele. Seni, kuni mutatsioonid pole antikehade neutraliseerimiseks olulistes piigi (piikvalk) piirkondades (nn neutraliseerivad epitoopid), on see vaid spekulatsioon.

Isegi kui teadaolevates neutraliseerivates epitoopides on mutatsioone, on see ikkagi spekulatsioon. Mutatsiooni funktsionaalse efekti ennustamiseks võite kasutada kõiki oma tööriistakasti väljamõeldud arvutuslikke ja struktuurseid modelleerimisnippe, kuid tegelikult ei tea te seda enne, kui katsetate seda eksperimentaalselt.

Lisaks muteeruvad sellised RNA viirused nagu SARS-CoV-2. See on normaalne ja oodatud. Me juba teame, et mis tahes mutatsioon, olenemata sellest, kas see on pärit inimesest või naaritsast, võib esineda olulises epitoopis.

Mutatsioonid on muutused RNA genoomis. Kui need esinevad viiruse valku kodeerivas genoomi osas, võib see põhjustada selle, et sellesse valku sisestatakse erinev aminohape kui algselt kodeeritud aminohape. See võib mõjutada antikeha seondumist selle epitoopiga

Antikehad on peenelt spetsiifilised ja mõnikord võib isegi üks aminohappe asendus tühistada antikeha seondumise. Seega võib mutatsioon võtmeepitoobis tähendada, et ühe variandi vastu kasvatatud vaktsiinid tekitavad antikehi, mis ei kaitse mutatsiooni sisaldavate variantide eest.

Kuid nad pole näidanud, millised mutatsioonid on naaritsa saadud variandid omandanud, nii et kes teab? Mutatsioonid tekivad ka inimpäritoluga viirustes, nii et loo moraal seisneb selles, et pääsemisvariantide otsimiseks peame kõigi ringlevate SARS-CoV-2 isolaatide korral läbi viima tugeva seire.

Nii et pole mingit põhjust nende naaritsa variantide pärast eriti muretseda, kui pole muid tõendeid. Peaksime andmed, kui need on kättesaadavad, objektiivselt üle vaatama, ning jätkama ja laiendama genoomset seiret.

Taani võimud ei tegele asjaga, mille pärast mina kõige rohkem muretsen: uus reservuaariliik. Kui SARS-CoV-2 hakkab metsloomadel ringlema, siis on meil oht, et nende uute reservuaaridega kokkupuutel tekivad tulevikus zoonootilise leviku tagajärjed.

Olen juba väga mures selle pärast, et SARS-CoV-2 võiks kassidel kinnistuda. Kassid on nakkustele vastuvõtlikud ja USA- on miljoneid  (ja miljoneid ka mujal maailmas) metsikuid kasse. Kui kassidest saab väljakujunenud reservuaar, võime olla SARS-CoV-2-ga seotud aastaid.

Sellega seoses on hea, et Hollandi naaritsatootmine suletakse aastaks 2021 täielikult. Loodetavasti järgivad seda ka teised riigid. Naaritsakasvatus on samuti ebavajalik ja julm, nii et selle tava jätkamiseks on vähe toetavaid tegureid, seda enam, kui  on ka kõrvalmõju oht.

Aga ma tõesti soovin, et teadust ei antaks edasi pressiteate abil. Pole mingit põhjust, miks genoomiga seotud andmeid ei saaks jagada, mis võimaldaks teadusringkondadel neid väiteid hinnata. Kui te pole andmeid näinud, on riski raske hinnata.

LISA: Jah, ma tean vahet Madalmaade ja Taani vahel. Kui ütlesin, et Hollandis naaritsatööstus lõpetatakse aastaks 2021, pidasin silmas Madalmaade naaritsakasvatust. Ma ei tea, kas naaritsakasvatus Taanis lõpeb pärast loomade tapmist.

Loomadega on ühesõnaga kehvasti ja taimedel ei lähe paremini.  

Henner Townlove kirjutab oma artiklis, et üheksakümmend üheksa koma üheksa protsenti (99,9%) kõigist Maal kunagi eksisteerinud liikidest on nüüdseks välja surnud. Enamik neist hukkus Maa ajaloo viies kataklüsmilises sündmuses; ja hiljutise teadusküsitluse järgi arvab seitse bioloogi kümnest, et oleme kuuenda massilise väljasuremise küünisel. Isegi tänapäeval on taimeliike, mis on väga sõltuvad teatud tüüpi keskkonnateguritest, nagu temperatuur, vesi ja kõrgus, nii et kui mõnes neist esineb häireid, arenevad nad lõpuks halvasti või ei suuda üldse kasvada. Meie huvides on vältida nende ohustatud põllukultuuride väljasuremist, sest osad neist on tihedalt põimitud meie igapäevaelu kangasse.

Maa soojeneb

Kliimamuutused on tõsine küsimus, mida tuleb võimalikult kiiresti lahendada. Alloleval pildil on temperatuuri erinevused üleilmse viie aasta keskmistest kolmel erineval aastal. Kui teie riik on punases, tähendab see, et teie riigis on selle 5-aastase ajavahemiku jooksul keskmine temperatuur rohkem kui 4 kraadi kõrgem.

Ülaltoodud pilt annab võimaluse võrrelda, kuidas on  aastakümnete jooksul suuremad temperatuurimuutused toimunud. Kõige drastilisemaid muutusi kogevad põhjapooluse lähedal asuvad alad. Maa muutub lihtsalt üha soojemaks. See temperatuuri tõus võib otseselt või kaudselt mõjutada tundlikke põllukultuuriliike, mis kasvavad ainult kindlates piirkondades.  

Põllukultuurid, mis lähema aastakümne jooksul kaovad:

Kohv

Maailm tarbib palju kohvi, peamiselt selleks, et üles ärgata ja oma töötundidel erksam olla. Selle tarbimist on seostatud nii südame-veresoonkonna haiguste, II tüüpi diabeedi, Alzheimeri tõve kui ka Parkinsoni tõve vähenemisega. Kohvipuud (Coffea), mis meile meie kohvi annab, on eriti raske kasvatada. On kaks peamist sorti, Robusta ja Arabica. Robustad on kibedad, tugevad ja suurema kofeiinisisaldusega. Arabica kohvid on mahedamad, magusama maitsega ja vähem kofeiini sisaldavad kohvid, Starbucksis maksate hea kohvi eest päris palju. Arabica on hea kraam, kuid see on eriti tundlik keskkonnamuutuste suhtes. Arabica marjad kasvavad ainult temperatuuril 18 ° C (64,4 ° F) kuni 21 ° C (69,8 ° F), ning ükskõik milline muu temperatuur ei võimalda marjadel  korralikult areneda. Taim vajab õitsemiseks ja marjade tootmiseks ka palju vihma ja kolmekuulist kuivaperioodi. Kõigi nende tegurite tõttu kasvab Araabika 1000–2000 meetri kõrgusel merepinnast troopilistes piirkondades vahemikus 25 ° N kuni 30 ° S.

 

Kuid kliimamuutuste korral on temperatuure, vihmaperioodi ja ka kuiva hooaega dikteeriv tsükkel segaduses. Nii palju, et on ennustatud, et kliimamuutused vähendavad Araabika kohvi tootlikkust 2050. aastaks poole võrra. Temperatuuri tõus võimaldab nendes taimedes levida ka seenhaigusel. Sestap selle ühiskonna üliolulise komponendi äravõtmine võib põhjustada teatud tagajärgi. Kultiveerijad võitlevad kõvasti nende taimede elus hoidmise nimel, kuid see võib olla ette kaotatud võitlus, eriti siis, kui me ei teadvusta kliimamuutuse probleeme.

 

Šokolaad

Šokolaad sisaldab palju antioksüdante ja väidetavalt vähendab südame-veresoonkonna haigusi ja parandab vaimset funktsiooni. Kogu šokolaadi saame kakaopuult. Kakaokauna kuivatatud ja kääritatud seemned (oad) läbivad täiendavaid protsesse šokolaadi erinevate tootesortide loomiseks. Kakaopuud sarnanevad kohviga selle poolest, et nad kasvavad ekvaatori lähedal - ca 20 kraadi sellest ülal ja allpool. Samuti vajavad ka nemad korralikuks kasvamiseks konkreetseid tingimusi. Kakaopuud eelistavad tegelikult suhteliselt kõrgeid temperatuure, maksimaalne aastane keskmine temperatuur on 30–32ºC ja minimaalne keskmine 18–21ºC. Temperatuuri tõus ei mõjuta neid taimi küll otseselt, kuid seda teeb sademete vähesus. Aastaste ilmastikutingimuste suured muutused häirivad kakao tootmist. Puud on väga tundlikud aurustumist läbi viiva niiskuse ja pinnase veepuuduse suhtes. Need taimed vajavad tuule eest kaitsmiseks ka kõrgemate puude seltskonda ja see annab neile hädavajaliku varju, mis meenutab nende algseid elutingimusi Amazonases. Liiga palju vihma ei ole alati hea, vihmaperioodi pikendamine enamikus Lõuna-Ameerika piirkondades võib olla väga soodne seenhaiguste, nagu Witches’ broom ja frosty pod, levikuks - seda tüüpi haigused hävitasid Kesk-Ameerika kakaoistandusi.

Praegu toodab Lääne-Aafrika üle poole maailma šokolaadivarust, mida omakorda ähvardab üha enam põud. Prognoositakse, et sarnaselt kohviga väheneb maailma šokolaadivarustus aastaks 2050 oluliselt. Loodan kindlasti, et leiame selleks ajaks sõbrapäevale sobiva asenduskingituse. Lootus pole siiski kadunud, ka siin töötavad kultivaatorid ööpäevaringselt mitmesuguste aretustööde nimel, et toota resistentset šokolaadi, mis võiks päästa kakaopuu. 

Avokaado

Avokaadosid kutsuti algselt āhuacatl, mis tähendab munandit, kuid see tundus ebameeldiv ja raske hääldada, nii et nad tegid täiesti uue sõna - seega avokaado. Avokaadod näivad olevat tänapäeval asendamatud. Inimesed panevad neid röstsaiadesse, burritodesse, sushidesse ja peaaegu kõigesse, mis pähe tuleb. Selle kaunis erkroheline värv koos teiste toitude taustadega on väga populaarne. Arvatakse, et avokaados olevad monoküllastumata rasvhapped vähendavad halva kolesterooli taset, suurendades samal ajal head. Nõudlus avokaado järele tõusis esimest korda 1990. aastatel ja on sellest ajast alates jätkuvalt kasvanud. Isegi praegu tarbitakse kogu maailmas aastas umbes 11 miljardit naela. Sellel “superpuuviljal” on siiski varjukülg. Avokaadosid on väga raske kasvatada, arvestades, et nad vajavad tonnidega vett. Tšiili kogukonnad on kaotanud oma jõed tänu sellele, et suunavad vett avokaadoistandustesse. 

Põhja-Ameerikas on poest ostetud avokaadod enamasti pärit Californiast, Mehhikost, Peruust, Tšiilist ja Dominikaani Vabariigist. Avokaado on janune puuvili. Kilogrammi avokaado kasvatamiseks on vaja rohkem kui tuhat liitrit vett. Meie suur nõudlus selle puuvilja järele on nõudnud kallist hinda, keegi ei tea seda paremini kui Petorca inimesed. Petorca on Tšiili linn, mis on kaotanud 80% veest põllumajanduse tõttu – seda peamiselt avokaadode kasvatamiseks. Samuti vajavad avokaadod õitsemiseks stabiilset temperatuuri, umbes 15–29 ºC. Kuid kui nad on kasvama läinud, suudavad puud taluda isegi madalamaid temperatuure kuni -2 ºC. Kliimamuutused on avokaadodele probleeme toonud. Globaalsed temperatuuritõusud on oluliselt vähendanud avokaadofarmidesse tulevate veevarude hulka. Keskmised temperatuurid tõusevad Mehhikos kliimamuutuste tõttu aastaks 2060 eeldatavasti 3 °C võrra. Californias on pidev kuiv ilm põhjustanud intensiivseid tulekahjusid ja osariigi veevarustuse vähenemist, mis omakorda mõjutab nii veinitehaseid kui ka avokaadofarme; kultivaatorid lihtsalt ei suuda sammu pidada. Pidev nõudmine avokaadode järele on põhjustanud Mehhiko keskosas suuri metsaraieid, mis veelgi teravdavad kliimamuutusi. Kahjuks on meie endi vaibumatu nälg avokaadode järele olnud kõige hullem. Keskendumine teistele toiduvalikutele võib neid probleeme leevendada ja päästa nii Petorca kui ka Mehhiko männimetsad. Kui me praegu ei tegutse, oleme kindlasti omadega metsas. 

Banaanid

Monokultuur on ühe kultuuri kasvatamine teatud piirkonnas. Mis viib meid banaaniistandustesse, iseenesest ei ole tegemist istandusega, kuna banaanitaimel ei ole otseseid järglasi, vaid kõik banaanid on kloonid, millel on sama geneetiline koostis - ehk see on sama banaan. Veel ühe banaani tootmiseks lõigatakse algse banaani küljest varretükk ja  kinnitatakse maapinnale. Kõigi banaanide hulgast kõige tavalisem on Cavendishi banaan. See konkreetne banaan domineerib turul niivõrd, et see on tõenäoliselt ainus banaan, mida oma toidupoest leiate. Kui peaksite minema banaaniistandusse, on suur tõenäosus, et kõik neist banaanidest on Cavendish´id. Tegelikult on mis tahes banaaniistandustes geneetilist mitmekesisust väga vähe, nii et kui seenhaigus tapab ühe banaani, võib see lihtsalt hävitada kõik banaanid sellel põllul. Cavendishi banaane imporditakse Põhja-Ameerikasse peamiselt Lõuna-Ameerika istandustest.

Enne Cavendishi valitsemisaega oli veel üks laialdaselt kasvatatud banaan, see oli Gros Michel, kuid need banaanid hävinesid 1950. aastatel Panama tõve tõttu, seega ei näe tänapäeval neid banaane eriti palju. Haigust põhjustav seen on Fusarium oxysporum Tropical Race 1 tüvi või TR1, õnneks on Cavendish selle seene suhtes immuunne, kuid sellel seenel on tekkimas uus tüvi TR4, mille vastu Cavendish pole immuunne ja see on tekitanud kaose Aasias Cavendish populatsioonides. On ainult aja küsimus, millal see seen Lõuna-Ameerikasse jõuab.

Ka banaani ajalugu on üsna “banaanine”. Tekkis palju konflikte, eriti Lõuna-Ameerikas, ja banaanifirmade otsese mõju tõttu on tapetud päris palju inimesi. Just siit sündis mõiste “banaanivabariik”. Banaanid on täis kaaliumi - mineraalset elektrolüüti, mis hoiab töös kogu keha voolu, mis on vajalik teie südame tukslemiseks. Banaan on siin sellesse nimekirjas viimane, sest globaalse temperatuuri tõus ei mõjuta neid eriti negatiivselt, tegelikult armastavad banaanid soojemat temperatuuri, kuid Panama haigust põhjustav seen on tõeline oht, mis tähendab, et kui seda ei suudeta kontrollida, siis on banaanid peagi minevik. Üks pisitilluke TR4 mikroskoopiline eos on piisav, et kogu riigi banaanivarud hävineksid. Ärgem kaotagem veel lootust, käimas on palju pingutusi Cavendishiga resistentsete tüvede ristamiseks. Filipiinide bioloogid on välja töötanud isegi seenele vastupidavad cavendishi tüved, ainus probleem on see, et keegi ei osta neid, sest need ei tundu väljanägemiselt eriti esteetilised (rohkem laigulised). Kuid kui me toime ei tule, muutub banaan varsti haruldaseks luksuseks ja lõpuks hakkame aru saama, et allpool oleval pildil Maurizio Cattelani kunstiteos (mis maksis 150000 dollarit) ei olegi nii absurdne.